คณะแพทยศาสตร์ จัดตั้งขึ้นตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหาสารคามว่าด้วยการบริหารและดำเนินงานของคณะแพทยศาสตร์ พ.ศ. 2553 ให้คณะตามระเบียบมหาวิทยาลัยมหาสารคาม ว่าด้วยคณะแพทยศาสตร์ พ.ศ. 2547 เป็นคณะตามข้อบังคับนี้ และให้เรียกชื่อภาษาอังกฤษว่า “Faculty of Medicine” โดยมีพันธกิจ ดังนี้

1. ผลิตบัณฑิตแพทย์ แพทย์แผนไทยประยุกต์ เวชกิจฉุกเฉิน วิทยาศาสตร์การแพทย์ บัณฑิตศึกษา และวุฒิบัตรสาขาแพทย์เวชศาสตร์ครอบครัว ให้สอดคล้องกับการปฏิรูประบบสาธารณสุขของประเทศ
2. วิจัยและพัฒนา เพื่อแก้ไขปัญหาด้านสุขภาพและการศึกษาของสังคม
3. บริการวิชาการแก่สังคมและผู้ปฏิบัติงานด้านสุขภาพรวมทั้งประชาชนทั่วไป
4. ให้บริการวิชาชีพด้านสุขภาพโดยบูรณาการการแพทย์แผนปัจจุบันและการแพทย์แผนไทยประยุกต์แก่ประชาชนทั่วไป
5. อนุรักษ์ ส่งเสริม เผยแพร่ศิลปวัฒนธรรมและภูมิปัญญาไทย
6. สร้างเสริมสุขภาพ ใส่ใจสิ่งแวดล้อม และพัฒนาภาพลักษณ์ขององค์กร
7. บริหารจัดการภายใต้หลักธรรมาภิบาล และทันต่อการเปลี่ยนแปลง

การบริหารและการดำเนินงานของคณะ ให้เป็นไปตามข้อบังคับนี้

คณะมีวัตถุประสงค์ ดังนี้

1. ผลิตบัณฑิตแพทย์ และพัฒนากำลังคนทางด้านการแพทย์ให้ได้ตามเกณฑ์มาตรฐานเพื่อตอบสนองต่อความต้องการแพทย์ของประเทศ โดยเฉพาะในภาคตะวันออกเฉียงเหนือที่ยังขาดแคลนแพทย์อยู่อีกมาก
2. ผลิตแพทย์ ให้สอดคล้องกับแนวคิดการปฏิรูประบบบริการทางการแพทย์การสาธารณสุขของประเทศ ซึ่งเน้นการบริการประชาชน ครอบครัว และชุมชนในระดับปฐมภูมิ
3. เป็นแหล่งพัฒนาองค์ความรู้ทางการแพทย์ การสาธารณสุขในการป้องกัน การสร้างเสริมสุขภาพ การรักษาโรคและการฟื้นฟูสภาพให้กับประชาชนในภูมิภาคตะวันออกเฉียงเหนือและของประเทศ
4. รองรับนโยบายของรัฐที่จะให้ประชาชนมีระดับคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้น

ในคณะให้มีคณบดีเป็นผู้บังคับบัญชาและรับผิดชอบงานของคณะ และให้มีรองคณบดี คนหนึ่งหรือหลายคนก็ได้ ผู้ช่วยคณบดี คนหนึ่งหรือหลายคนก็ได้ เพื่อทำหน้าที่และรับผิดชอบงานตามที่คณบดีมอบหมาย

คณะกรรมการบริหารคณะประกอบด้วย คณบดี รองคณบดีเป็นกรรมการโดยตำแหน่ง และกรรมการซึ่งอธิการบดีแต่งตั้งโดยคำแนะนำของคณบดีจากหัวหน้าภาควิชาหรือหัวหน้าหน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเท่าภาควิชา

ให้คณบดีเป็นประธานคณะกรรมการประจำคณะ และให้คณบดีแต่งตั้งรองคณบดีคนหนึ่ง เป็นเลขานุการของคณะกรรมการประจำคณะ และอาจให้มีผู้ช่วยเลขานุการได้

คณะกรรมการประจำคณะมีอำนาจและหน้าที่ ดังนี้

1. วางนโยบายและแผนงานของคณะให้สอดคล้องกับนโยบายของสภามหาวิทยาลัย
2. พิจารณาหลักสูตรและรายละเอียดเกี่ยวกับหลักสูตรสำหรับคณะเพื่อเสนอต่อมหาวิทยาลัย
3. พิจารณาวางระเบียบและออกข้อบังคับภายในตามที่สภามหาวิทยาลัยมอบหมายหรือเพื่อเสนอต่อสภามหาวิทยาลัย
4. พิจารณาเสนอเกี่ยวกับการดำรงตำแหน่งทางวิชาการของคณาจารย์ในคณะต่อมหาวิทยาลัย
5. จัดการวัดผล ประเมินผล และควบคุมมาตรฐานการศึกษาของคณะ
6. ส่งเสริมงานวิจัย งานบริการวิชาการแก่สังคม และงานทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม
7. ให้คำปรึกษาและเสนอความเห้นแก่คณบดี
8. กำกับ ดูแล การประกันคุณภาพทางวิชาการและการบริหาร
9. เสนอรายงานประจำปีและรายงานงบดุล งบรายได้และรายจ่าย งบกระแสเงินสดของคณะต่อสภามหาวิทยาลัย
10. แต่งตั้งอนุกรรมการเพื่อปฏิบัติหน้าที่ในเรื่องใดเรื่องหนึ่งตามที่คณะกรรมการประจำคณะมอบหมาย
11. ให้ความเห็นชอบการแบ่งหน่วยงานตามข้อ 9 เพื่อเสนออธิการบดีออกประกาศมหาวิทยาลัย
12. ปฏิบัติหน้าที่อื่นๆ เกี่ยวกับกิจการของคณะหรือตามที่อธิการบดีหรือสภามหาวิทยาลัยมอบหมาย